Minden egy kellemes kis estén kezdődik, mikor is Mysterio egy New York-i múzeumba betörve igyekszik ellopni a Káosz és Rend tábláját. Főhősünk – a barátságos és közkedvelt Pókember – persze megakadályozza ebben, de sajnos a kirobbanó csetepaté közepette az említett relikvia a darabjaira hasad, nem várt bonyodalmakat okozva a tér-idő kontinuumban. Az általunk okozott bajról Madame Webb tájékoztat minket (ő amúgy végig tippekkel lát majd el minket a játék során), egyben kiosztva a feladatot, hogy szerezzük vissza a tábla összes szilánkját, ezzel állítva helyre az egyensúlyt a Rend és a Káosz között. A sztori egyszerű, mint a kapanyél, de esetünkben nem is kell több, megtudjuk, hogy négy különböző univerzumba szóródtak szét az ereklye darabjai, s nekünk a klasszikus, az Ultimate, a Noir és a 2099-es Pókember képben kell begyűjtenünk a hiányzó részeket.