A LEGO Marvel Super Heroes valamikor a Bosszúállók film után veszi fel a fonalat; a játék nyitányában tanúi lehetünk, ahogy a Földre érkező Ezüst Utazót (aki a bolygófaló Galaktusz hírnöke) Dr. Doom egy repcsivel lelövi az égről, minek következményeként az űrbéli látogatónk deszkája kozmikus kockákra hullik. A sztori innentől a különleges legóelemek körül bonyolódik, ugyanis Latvéria fémmaszkos uralkodója össze akarja gyűjteni az összeset, és ennek érdekében még attól sem riad vissza, hogy szövetségre lépjen a Marvel-univerzum többi megátalkodott szuperbűnözőjével.