Zion katonái, bátor önkéntesekkel az oldalukon kétségbeesetten harcolnak, hogy visszaverjék a gyilkos őrszemek támadását, amikor a géphadsereg fúrásai már-már a rejtekhelyük közelébe érnek. Nem csak saját életükért, de magáért az emberiség jövőjéért is küzdenek. Smith ügynök (Hugo Weaving), az immár öntudatra ébredt program kikerült a gépek ellenőrzése alól, és az a célja, hogy elpusztítsa a gépek birodalmát a való világgal és a Mátrix-szal együtt. Az Orákulum (Gloria Foster) végleges útmutatást ad Neónak (Keanu Reeves), de ő fenntartásokkal fogadja a szavait, mert attól tart, hogy a nőt is csak egy program irányítja. Niobe (Jada Pinkett Smith) segítségével Neo és Trinity (Carrie-Anne Moss) messzebbre merészkednek, mint eddig bármelyik ember. A gépek városának szívébe indulnak, ahol Neo szemtől szembe kerül a gépek legfőbb vezérével.