Évtizedeken keresztül háborúzott egymással a Föderáció és a Klingon Birodalom. A felek most tárgyalóasztalhoz ülnek, ám mindkét oldalon akadnak olyanok, akik ellenzik a kiegyezést az ellenséggel. Kirk kapitány is kételkedik az ellenfél tisztességes szándékaiban. Amikor merényletet követnek el a klingon békemisszió vezetője ellen, a gyanú az Enterprise legénységére terelődik. Az ártatlanul megvádolt kapitányt és McCoyt a klingonok az egyik börtönbolygóra száműzik. Kirk elhatározza, hogy a maga módján tisztázza magát a vádak alól, és kideríti, ki áll a merénylet mögött.

A film elkészülte után nem sokkal halt meg Gene Roddenberry, ezért a filmet az ő emlékének ajánlották.