Minden idők egyik legjobb sci-fi RTS-e folytatódik: a zerg, a protoss és a terran (azaz ember) fajok képviselői folytatják öldöklő küzdelmüket a túlélésért. A zergek kaptárát egy ádáz belharc szétszakította, a protoss megpróbál egyesülni Dark Templar testvérükkel, hogy újraépítsék világukat, Aiurt. A terran császára, Mengsk I., miután megszerezte az emberi kolóniák feletti totális uralmat, most meg kell, hogy ossza figyelmét: az általa elárult nő (a híres-hírhedt Kerrigan, Zerg Queen of Blades) bosszúra készül, miközben az uralkodó ellen saját hívei szőnek sötét összeesküvést...